Mili podjął też krytykę naczelnych pojęć teorii poznania. Przede wszystkim krytykę pojęcia przyczynowości.
Nie zaprzeczał, że wszyscy jesteśmy przekonani o powszechnym panowaniu prawa przyczynowości, ale pytał, jaką mamy do tego podstawę?
Podstawą jest tu „po prostu przyzwyczajenie i oczekiwanie, że to, co raz lub wielokrotnie okazało się prawdą, a nigdy nie okazało fałszem, okaże się nadal prawdą".
A więc podstawa prawa przyczynowości jest wyłącznie natury psychologicznej, subiektywnej.
