W erze chrześcijańskiej tradycja epikureizmu została przerwana. W wiekach średnich epikureizm był synonimem ateizmu, materializmu, zaprzeczającego istnieniu nieśmiertelnej duszy, mechanistycznego ujęcia, negującego wolność, i hedonizmu, odrzucającego wszelkie ideały etyczne.
Przez wieki był więc traktowany jako doktryna przewrotna i gorsząca, i żaden myśliciel nie mógł się doń głośno przyznawać.
Co prawda w początkach ery chrześcijańskiej antagonizm ten jeszcze się nie objawił. W świadomości ówczesnego ogółu pogańskiego, chrześcijanie z epikurejczykami należeli do jednej kategorii: wrogów religii.
Pierwsi byli wrogami religii panującej, drudzy religii w ogóle, ale dla przeciętnego człowieka było to jedno i to samo.