Niektóre białka są w dużym stopniu lub całkowicie zanurzone w zrębie. Cząsteczki te, zbudowane głównie z nierozpuszczalnych w wodzie aminokwasów, zasiedlają rejon hydrofobowy oraz rejon hydrofilowy, który składa się głównie z aminokwasów rozpuszczających się w wodzie. Zadaniem części hydrofobowej jest umożliwienie przestrzennego wpasowania się całej cząsteczki do wnętrza błony. Rozmiar białek zanurzonych w zrębie jest najczęściej tak duży, że ich rejony hydrofobowe wystają z błony, a inne białka, niezanurzone w zrębie, dzięki np. słabym wiązaniom kowalencyjnym, łączą się z nim – z innymi białkami błonowymi.