Szkarłupnie nie posiadają układu wydalniczego. Usuwanie zbędnych metabolitów odbywa się głównie na drodze dyfuzji całą powierzchnią ciała. Ponadto w układzie hemalnym funkcjonują specjalne komórki – podocyty, które pochłaniają metabolity, a następnie przedostają się do układu wodnego, a stąd na zewnątrz ciała. Zdecentralizowany układ nerwowy szkarłupni wyraźnie różni się od układów pozostałych wtóroustych. Składa się on z centralnego pierścienia otaczającego jelito i promieniście odchodzących do niego nerwów. Szkarłupnie nie mają mózgu ani wyspecjalizowanych narządów zmysłów.