Szkarłupnie szczyt świetności przeżyły w erze paleozoicznej. Dziś są grupą reliktową, mimo iż dziś żyje ich prawie 7 tysięcy gatunków. Ponad 13 tysięcy gatunków już opisanych to gatunki kopalne, czyli prawie dwa razy więcej niż współczesne. Najstarsze szczątki datowane są na kambr. Przodkami szkarłupni, podobnie jak innych wtóroustych, były prawdopodobnie robakokształtne zwierzęta mające wtórną jamę ciała (celomę) podzieloną na segmenty. Zwierzęta te przeszły następnie do osiadłego trybu życia, tracą przy tym dwuboczną symetrię i wtórnie stały się organizmami o symetrii pięciopromiennej.
Zwierzęta te żyją wyłącznie w morzach o pełnym zasoleniu. Są związane z dnem lub rzadziej unoszą się w toni wodnej. Wiele niezależnych grup szkarłupni osiadłych rozwinęło się z robakokształtnych. Do dziś pozostała tylko jedna ich gromada – liliowce. Pozostałe wymarły pod koniec paleozoiku.
