Na obszarze Japonii jest wiele rzek. W większości są one krótkie. Najdłuższa z nich ma zaledwie 367 km. Japońskie rzeki charakteryzują się dużymi spadkami i są zasobne w wodę. Z tego względu wykorzystuje się je do celów energetycznych.
W Japonii występuje także bardzo duża ilość gorących źródeł, których obecność związana jest z aktywnością wulkaniczną.
Klimat Japonii jest bardzo zróżnicowany ze względu na dużą rozciągłość południkową. Północna część kraju (głównie Hokkaido) ma klimat umiarkowany, środkowa i południowa – podzwrotnikowy, na południe od Okinawy panuje klimat zwrotnikowy.
Na strefowe cechy klimatu nakładają się skutki cyrkulacji monsunowej. Monsun letni, wiejący znad oceanu ku lądowi, przynosi obfite opady atmosferyczne na południu i wschodzie kraju. Monsun zimowy, wiejący z wnętrza kontynentu ku oceanowi, przynosi opady na północnym zachodzie.
Wiatr na Ziemi nie może wiać szybciej niż 520 km/h, jest to spowodowane siłami, które wpływają na cząsteczki powietrza (m .in. przyciąganie, tarcie, różnice ciśnień powietrza).
