Główne dzieło Bacona, które miało dokonać reformy w całokształcie nauk, nosi nazwę: Wielkie ustanowienie nauk. Nie zostało ukończone, Bacon zdążył opracować tylko dwie części. Poza tym głównym dziełem, za życia Bacona ogłoszony został zbiór jego studiów etyczno-politycznych pt. Essays (1597), a pośmiertnie wyszła utopia: Nowa Atlantyda (1627).
Dzieła Bacona mają piękną formę literacką, celował w aforystycznym ujmowaniu myśli.