Protokooperacja polega na współdziałaniu, w którym obie populacje odnoszą wymierne korzyści. Jest do jednak dość luźny związek i oba gatunki potrafią się bez niego obejść (można byłoby to nazwać czasowym sojuszem). Przykład współżycia kraba pustelnika z ukwiałem zna chyba każdy uczeń, podobnie jak często pokazywane bąkojady (Buphagus), które oczyszczają skórę nosorożców i bawołów afrykańskich z larwbąków i kleszczy. Najwyższą formą współpracy między gatunkami jest mutualizm. Korzyści dla obu stron są wymierne, a wzajemne przystosowania tak silne, że życie poza układem praktycznie nie jest możliwe.