Poglądy na rzeczywistość i jej strukturę wyrażał w metafizyce i filozofii przyrody. Opracował teorię wyjaśniania ontologicznego w filozofii przyrody. Głosił pogląd, że nauki przyrodnicze potrzebują wniosków i prawd ustalonych w filozofii przyrody jako swoich zasad regulujących, nie interweniując w wewnętrzną strukturę tych nauk.
W filozofii przyrody, nazywanej przez Maritaina „filozofią natury” lub „filozofią naturalną”, przedmiotem jest rzeczywistość materialna badana w aspekcie jej zmienności. Przedmiotem metafizyki jest to, co istnieje lub może istnieć.
