Zadaniem kroku krzyżowania jest wymiana "materiału genetycznego" pomiędzy dwoma rozwiązaniami w populacji. W wyniku krzyżowania na podstawie dwóch rozwiązań (rodzice) tworzone są dwa nowe osobniki (dzieci). Po wykonaniu krzyżowania dzieci zastępują w populacji rodziców. Oczywiście w tym kroku nie wszystkie rozwiązania muszą się ze sobą krzyżować. Liczbę krzyżowań określa tzw. współczynnik krzyżowania (o wartości od 0 do 1), który pokazuje jaka liczba osobników powinna być w jednej iteracji skrzyżowana, bądź określa prawdopodobieństwo z jakim każde rozwiązanie może wsiąść udział w krzyżowaniu.
W przypadku binarnejreprezentacji chromosomu najprostsze krzyżowanie polega na podziale dwóch chromosomów (rodzice) na dwie części (niekoniecznie równe) i z nich tworzone są dzieci: pierwsze dziecko składa się z początkowej części pierwszego rodzica i końcówki drugiego natomiast drugie dziecko odwrotnie - początek drugiego rodzica i koniec pierwszego.