Morfogeneza (gr. morphē = kształt, postać, génesis = pochodzenie), kształtogeneza – biologiczne procesy rozwojowe, w wyniku których jest determinowany kształt
zarodka
w kolejnych stadiach rozwojowych i ostatecznie kształt dorosłego
organizmu
. Pojęcie obejmuje także kształtowanie się ostatecznej formy narządów i części organizmów, a w grupie
protista
kształtowanie się właściwych dla nich organelli.