Ewolucja nietoperzy - badania genetyczne dowodzą, że nietoperze należą do kladu Laurasiatheria , który wyodrębnił się pod koniec późnej kredy na superkontynencie Laurazja . Najstarsze nietoperze znane są z wczesnego eocenu , są to jednak formy już dość silnie wyspecjalizowane i zbliżone do współczesnych. Dlatego uważa się, że muszą istnieć i formy starsze, choć dotychczas nie odkryte. Jednak badania genetyczne sugerują, że samo przejście od pierwotnych drobnych, czworonożnych, owadożernych laurazjaterów do wczesnoeoceńskich nietoperzy właściwych miało charakter bardzo szybki, być może skokowy.

W świetle powyższych danych, dawny pogląd o bliskim pokrewieństwie nietoperzy z lotokotami jest nieaktualny.

Najstarsze wiekowo skamieniałości nietoperzy mają 52,5 mln lat i pochodzą z Green River Formation w Wyoming . Są to dwa rodzaje:

1. Icaronycteris index , którego budowa jest bardzo zbliżona do współczesnych. Był owadożerny, posługiwał się echolokacją.
2. Onychonycteris (dosłownie: pazurzasty nietoperz), mimo dokładnie tego samego wieku i lokalizacji co I. index, ma znacznie mniej współczesną budowę, posiadając szereg cech pierwotnych. Do cech pierwotnych zalicza się obecność na wszystkich palcach pięciopalczastych kończyn przednich (u współczesnych przeważnie jest tylko jeden pazur na kończynie), a także względem form współczesnych: mało zredukowane kończyny tylne i dość krótkie przedramiona. Nie był on zdolny do posługiwania się echolokacją, choć szereg cech, m.in. dobrze rozwinięte obojczyki i mostek, wydłużone palce dokumentuje, że rodzaj ten sprawnie latał. Poruszał się przypuszczalnie dwufazowo, na przemian krótkie odcinki pokonywał lotem ślizgowym, a kolejny odcinek lotem trzepoczącym. badania pozwoliły stwierdzić, że u nietoperzy najpierw rozwinęła się zdolność lotu, a dopiero później umiejętność echolokacji. Znany jest tylko jeden gatunek O. finneyi.

Kolejne znaleziska kopalnych nietoperzy pochodzą ze środkowoeoceńskich (47 mln lat) łupków z kopalni Messel koło Frankfurtu nad Nenem w Niemczech. Opisano tam siedem gatunków nietoperzy z rodzajów:

• Archaeonycteris - niewielki nietoperz, mający krótkie skrzydła, latał dość wolno, w związku z czym polował na niewielkie, wolno latające owady, blisko ziemi lub w zaroślach. Z analizy skamieniałej zawartości żołądkowej wiadomo, że spożywał głównie drobne gatunki chrząszczy .
• Hassianycteris największy nietoperz z Messel. Był bardzo sprawnym lotnikiem, żerował na otwartych przestrzeniach, polując na duże owady. Z analizy skamieniałej zawartości żołądkowej wiadomo, że spożywał głównie duże gatunki ciem i chrząszcze . Miał wąskie skrzydła.
• Palaeochiropteryx niewielki nietoperz, mający krótkie skrzydła, latał dość wolno, w związku z czym polował na niewielkie, wolno latające owady, blisko ziemi lub w zaroślach. Z analizy skamieniałej zawartości żołądkowej wiadomo, że spożywał głównie drobne gatunki ciem i chruściki .
• Tachypteron najstarszy reprezentant rodziny Emballonuridae , owadożerny

Silny rozwój i specjacja nietoperzy miał miejsce w późnym eocenie, gdy powstały wszystkie pozostałe spośród 19 żyjących do dziś rodzin. Oprócz tego powstało też siedem rodzin, które nie przetrwały do współczesności i wymarły w późniejszym czasie.

W Polsce dysartykułowane (rozłączone, nie zachowane w postaci całego szkieletu) szczątki licznych nietoperzy znaleziono w utworach jaskiniowych późnego pliocenu m.in. w jaskiniach rezerwatu Węże .

Bibliografia

• Nancy B. Simmons. "Jak uskrzydlały się ssaki". „ Świat Nauki ”. 1 (209), ss. 50-57. Warszawa: Prószyński Media. ISSN 0867-6380 . 
• Franciszek Bieda , 1969: Paleozoologia, tom II, Strunowce. Wydawnictwa Geologiczne, str. 363.