Opozycyjnie nastawiona szlachta na Węgrzech mianowała na króla magnataJana Zapolya, a Habsburgowie ukoronowali Ferdynanda, co przyniosło piętnastoletni konflikt między głowami państwa i ich zwolennikami. Po tym jak Turcja pomogła Zapolyi narodził się zbrojny konflikt między Habsburgami a państwem tureckim. W 1541 r. podzielono Węgry na trzy części: wschód kraju z Siedmiogrodem przyznano jako lenno Janowi Zygmuntowi (syn Jana Zapolya) i jego matce Izabeli Jagiellońskiej, zachodnią i północną część wraz ze stolicą w Preszburgu (obecnie Bratysława) otrzymał Ferdynand Habsburg, zaś centralną część ze stolicą włączono do Turcji. W regionie dominowali Turcy, a podział Węgier utrzymał się przez 150 lat.