Protokooperacja – oddziaływanie międzygatunkowe w przyrodzie, polegające na współpracy dwóch populacji odnoszących wzajemne korzyści, lecz mogących żyć także samodzielnie. Protokooperacja jest rodzajem symbiozy przygodnej (nieprzymusowej). Często występuje okresowo. Przykładem protokooperacji jest związek jamochłonów ( ukwiały ) z krabami pustelnikami . Na muszlach pustelników żyją przytwierdzone różne jamochłony. Ułatwiają one krabom maskowanie się i pełnią funkcję obronną, otrzymując w zamian niedojedzone resztki pokarmu pustelnika. Jednak ani pustelnik, ani jamochłon nie są ściśle zależne od swego partnera . Podobnie sprawa ma się z mrówkami i mszycami . Wydzielina mszyc jest spożywana przez mrówki, które z kolei chronią mszyce przed np. biedronkami . Innymi słowy, protokooperacja to współżycie korzystne. Nie musi być ono nieodzowne i może występować okresowo.