Męskie narządy rozrodcze nicieni zbudowane są najczęściej z pojedynczej cewki, w której odpowiednie odcinki nazywa się jądrem i nasieniowodem. Nasieniowód w tylnej części ciała łączy się z przewodem pokarmowym, a część jelita wspólna dla układu pokarmowego i rozrodczego nazywa się stekiem lub inaczej kloaką. U nicieni najczęściej dochodzi do zapłodnienia wewnętrznego (w macicy), a samice są jajorodne. Podobnie jak u płazińców liczba składanych jaj jest bardzo zróżnicowana. Wolno żyjące gatunki składają ich stosunkowo niewiele, pasożyty zaś – miliony sztuk. Wyjątkowo niektóre nicienie mogą być jajożyworodne (na przykład włosień kręty).
