Jako pierwszy formalnie wskrzesił demokrytejski termin „atom”. Zauważył, że własności gazów najlepiej dają się wytłumaczyć przy założeniu, iż są one zbudowane z atomów. Wykorzystał tę ideę także przy analizowaniu reakcji chemicznych. Stwierdził, że związek chemiczny zawsze zawiera te same ilości wagowe składających się nań pierwiastków.
Główne założenia teorii Daltona:
Pierwiastki składają się z niewielkich cząstek materii zwanych atomami.
Atomy to najmniejsze cząstki materii, dalej już niepodzielne.
Atomy tych samych pierwiastków są jednakowe i mają te same właściwości.