Podstawową funkcją czaszki jest ochrona narządów znajdujących się wewnątrz niej. Mózgoczaszka chroni mózgowie. Twarzoczaszka ochrania narządy zmysłów: wzroku, węchu, smaku oraz początkowe odcinki przewodu pokarmowego i oddechowego.
Kości czaszki połączone ze sobą za pomocą szwów – jest to rodzaj połączeń ścisłych. Jedynie żuchwa połączona jest z czaszką stawami.