Światło przenika w głąb wody jedynie do pewnej głębokości (tak zwana strefa fotyczna zbiornika), poniżej której stale panują ciemności (strefa afotyczna). W strefie prześwietlonej zachodzi proces produkcji materii (strefa trofogeniczna), tu żyją producenci – rośliny, samożywne protisty i oczywiście konsumenci. Poniżej, w strefie afotycznej, zachodzą jedynie procesy produkcji wtórnej oraz rozkład materii organicznej. Spotykamy tu konsumentów (zazwyczaj wyższych rzędów), a także reducentów. Woda charakteryzuje się także dużą pojemnością cieplną, dzięki czemu zmiany temperatury odbywają się w niej stosunkowo wolno i w mniejszym zakresie niż na lądzie.