Przewód pokarmowy kręgowców kończy się jelitem prostym (odbytnicą) i odbytem. Może on otwierać się do steku (kloaki) – wspólnego ujścia układu pokarmowego, rozrodczego i wydalniczego. Jako osobny gruczoł wydzielający enzymy trawienne wyodrębniona jest trzustka. Reguluje ona także poziom cukru we krwi. Wątroba wydziela żółć, która z woreczka żółciowego spływa do przewodu pokarmowego, gdzie pomaga w trawieniu tłuszczów. Ponadto wątroba stanowi ważny narząd przeprowadzający liczne reakcje metaboliczne. Układ pokarmowy kręgowców podlega rozmaitym modyfikacjom. Prawidłowością jest, że u roślinożerców trzewia są większe i dłuższe, a u mięsożerców przewód pokarmowy jest krótszy, gdyż pokarm zwierzęcy jest łatwiej strawialny i przyswajalny. Największe zmiany dotyczą przedniego odcinka przewodu pokarmowego i wiążą się z różnymi specjalizacjami pokarmowymi.
