Gąbki prawdopodobnie wywodzą się z pierwotnych uwicionych
protistów, być może podobnych do dzisiejszych
wiciowców kołnierzykowych (
Choanoflageellata). Już w
prekambrze, czyli około 600 milionów lat temu, zróżnicowały się na kilka linii rozwojowych. Najstarsze szczątki z tego okresu należą do przedstawicieli gąbek krzemionkowych. Z
kambru znamy przedstawicieli pozostałych grup, czyli gąbek wapiennych i pospolitych. Na początku
ery paleozoicznej przedstawiciele różnych grup gąbek współtworzyli
rafy morskie, których wtedy jeszcze nie można było nazwać koralowymi. W okresie
kambryjskim prawie wszystkie rafy były zbudowane z
archeocjatów (być może spokrewnionych z
gąbkami pospolitymi). Pod koniec
paleozoiku rafotwórcze znaczenie gąbek wyraźnie zmalało. W
jurze były ważnymi organizmami rafotwórczymi. Od końca
mezozoiku do dziś rola gąbek jako budowniczych raf jest niewielka, choć z
ekologicznego punktu widzenia są ich ważnym składnikiem.
