Kopalne gatunki, formy drzewiaste żyjące w erze paleolitycznej przyczyniły się do powstania ogromnych złóż węgla kamiennego.
W klimacie tropikalnym paprotniki reprezentowane są liczniej niż w umiarkowanymi stanowią istotny składnik biocenoz leśnych.
Współczesne gatunki krajowe nie odgrywają większej roli w przyrodziei ekosystemach, choć w niektórych lasach stanowią podstawowy składnik podszytu. Ze względu na rzadkość występowania wiele gatunków objętych jest ochroną prawną.
Nieliczne gatunki stosowane w leczeniu ludzi: widłak goździsty, skrzyp polny, nerecznica samcza.