Głębokość mierzy się za pomocą sondy (ciężarek zawieszony na specjalnej taśmie mierniczej). Dzięki takim pomiarom sporządza się tzw. plan batymetryczny. Przez zaznaczenie przebiegu izobat przedstawia on kształt misy jeziornej. Bardziej nowoczesną metodą do pomiarów jest zastosowanie echosondy, która sporządza plan batymetryczny. Dno niektórych jezior znajduje się poniżej poziomu morza. Miejsca takie nazywa się kryptodepresjami (Jezioro Miedwie -29,7 m i Jezioro Żarnowieckie -17,9 m).