Republiką targały konflikty wewnętrzne. Przyczyną konfliktu jest nie tylko etniczna i religijna odmienność, ale również interesy ekonomiczne oraz tranzytowe położenie (umożliwiające rurociągowy transport ropy i gazu z rejonu Morza Kaspijskiego do portów Morza Czarnego). Tę sytuację wykorzystały w końcu 1994 roku władze Rosji. Wojska rosyjskie wkroczyły do Czeczeni, a w lutym 1995 roku zajęły jej stolicę – Grozny. Od tego momentu rozpoczęła się walka partyzancka i terrorystyczna z najeźdźcą (np. napad Szamila Basajewa na szpital w Budionnowsku). W 1996 roku zginął Dudajew, ale opór Czeczenów trwa nadal.
W 1996 roku Rosja podpisała z Czeczenami porozumienie, na mocy którego wojska rosyjskie opuściły republikę. Rosja nie zrezygnowała jednak z podporządkowania sobie republiki. Atak islamskich bojowników pod przywództwem Szamila Basajewa na sąsiedni Dagestan sprowokował Rosję do podjęcia w 1999 roku „operacji policyjnej” trwającej do końca lutego 2000 roku.