Estragon hat auch mehrere Heilwirkungen. Er wird jedoch von der Schulmedizin nicht zu oft verwendet, weil im Estragon ein Stoff "Estragol" enthalten ist. Er wird aber von Volksheilkunde gern benutzt, vor allem in Frankreich. Estragon kann Verdauungsorgane verstärken. Er kann auch die Bildung der Magensäfte anregen. Das ätherische Estragonöl und Estragontee helfen gegen Blähungen. Estragontee regt auch den Appetit an. Das Kauen der Estragonblätter kann gegen Schluckauf helfen. Estragon fördert die Tätigkeit der Nieren und aktiviert den Stoffwechsel.
Estragon ma również wiele właściwości leczniczych. Nie jest on jednak zbyt często stosowany przez medycynę konwencjonalną, ponieważ zawiera substancję "Estragol". Jest chętnie stosowany przez medycynę ludową, przede wszystkim we Francji. Estragon może wzmocnić narządy trawienne. Może również stymulować tworzenie soków żołądkowych. Eteryczny olejek estragonowy oraz herbata estragonowa pomagają na wzdęcia. Herbata estragonowa pobudza również apetyt. Żucie liści estragonu może pomóc na czkawkę. Estragon wspomaga aktywność nerek oraz pobudza przemianę materii.