Antybiotyki są stosowane do leczenia chorób zakaźnych. Prócz hamowania wzrostu i rozwoju mikroorganizmów, antybiotyki wykazują toksyczność wobec flory bakteryjnejjelit, powodując możliwą awitaminozę, biegunkę i zaburzenia wchłaniania składników pokarmowych w jelicie cienkim. Mogą również uszkadzać wątrobę lub nerki, czy też prowadzić do reakcji alergicznych. Nadużywanie antybiotyków prowadzi do wytwarzania bakterii odpornych na ich działanie. Dzięki antybiotykom zmniejszyła się umieralność spowodowana np. zakażeniem przyrannym lub szkarlatyną (płonica). Jednak, mimo dobrodziejstwa antybiotyków, pojawiają się zmutowane mikroorganizmy odporne na te substancje, i tzw. wielooporność (na kilka antybiotyków jednocześnie) budzi niepokój mikrobiologów i lekarzy.