Japonia należy do najludniejszych państw świata. Z liczbą 127 mln mieszkańców zajmuje 10. miejsce pod tym względem w świecie.
Gęstość zaludnienia w tym kraju jest duża i wynosi 338 osób/km2. Rozmieszczenie ludności jest nierównomierne. Wpływają na to zarówno warunki klimatyczne, rzeźba terenu, jak i czynniki gospodarcze. Najgęściej zaludniony jest pas wybrzeża nad Oceanem Spokojnym i wewnętrznym Morzem Japońskim, a także silnie uprzemysłowiona, środkowa część kraju. Na wyspie Honsiu mieszka aż 80% ludności kraju. W niektórych regionach tej wyspy gęstość zaludnienia przekracza 2000 os/km2.
W Japonii znajduje się 6 ponadmilionowych zespołów miejskich.
Trzy największe aglomeracje położone są na wschodnim wybrzeżu Honsiu. Są to: Tokio – Jokohama, Osaka – Kobe – Kioto oraz Nagoja. Leżą one dość blisko siebie i tworzą jeden z najbardziej zurbanizowanych regionów świata. Jest to tzw. Megalopolis Nippon. Skupia 75 mln mieszkańców, Zajmuje obszar około 41 tys. km2 (11% terytorium państwa) i rozciąga się na długości około 1000 km. W jego skład wchodzą największe okręgi przemysłowe Japonii: Keihin, Hanshin, Chūkyō, Kitakiusiu, wytwarzające 75% krajowej wartości produkcji przemysłowej. Całość łączy nowoczesny system komunikacyjny.