W krajobrazie tego wyspiarskiego kraju Azji dominują góry powstałe podczas orogenezy alpejskiej. Wraz z wyżynami zajmują one ok. 85% powierzchni tego kraju.
Niziny występują tylko na niektórych odcinkach wybrzeża
Japonia leży w aktywnej strefie sejsmicznej, na styku 2 płyt litosfery: eurazjatyckiej i pacyficznej. Efektem takiego położenia jest ożywiony wulkanizm i częste trzęsienia ziemi. W tym kraju jest ponad 150 wulkanów, z czego 40 uznaje się za aktywne. Każdego roku rejestruje się tu kilka tysięcy wstrząsów o różnej sile.
Najbardziej znanym wulkanem i zarazem najwyższym szczytem Japonii jest Fudżi (3776 m n.p.m.) na wyspie Honsiu.