Podłożem geologicznym dla niziny jest Niecka Amazonki. Niecka zbudowana jest ze skał osadowych, które ułożone są poziomo warstwami. Skały te gromadziły się w Niecce od początku ery paleozoiczne. Warstwy skał osadowych miejscami mogą osiągać grubość 5000 m. Oprócz skał osadowych znajdują się tutaj kenozoiczne utwory akumulacji rzecznej stanowiące najmłodsze osady pokrywające obszar niecki. Stąd też Nizina Amazonki uznawana jest za największą nizinę aluwialną na Ziemi.Starsze struktury tektoniczne będące podłożem niziny uzależnione są od charakteru asejsmicznego tego obszaru, jedynie w zachodniej części obszaru Niziny Amazonki, która graniczy z orogenezą alpejską jest obszarem pansejsmicznym. Na terenie niziny znajdują się złoża boksytów oraz mała ilości ropy naftowej.