W 1958 ukończył studia z zakresu muzykologii u
Zofii Lissy
i
Józefa Michała Chomińskiego
na
Uniwersytecie Warszawskim
. W 1964 uzyskał stopień doktora na podstawie pracy "Klasyczna forma sonatowa w twórczości kameralnej Ludwiga van Beethovena". Od 1951 do 1986 wykładał w
Instytucie Muzykologii Uniwersytetu Warszawskiego
, w latach 1976–1988 kierował katedrą powszechnej historii muzyki. W latach 1986–1988 był profesorem w Hochschule für Musik und darstellende Kunst w
Grazu
, a w latach 1994–2000 profesorem
Akademii Muzycznej w Warszawie
. Obecnie wykłada na studiach muzycznych w Gdańsku.
W latach 1956–1959 pracował także w Instytucie Sztuki
Polskiej Akademii Nauk
jako asystent i sekretarz redakcji kwartalnika "Muzyka". W swojej pracy dydaktycznej i naukowej Andrzej Chodkowski zajmuje się historią muzyki XVIII i XIX w. oraz teorią formy muzycznej.
