Podczas jego
pontyfikatu
narodził się spór o ważność chrztu
apostatów
i
heretyków
. Niektórzy
biskupi
Afryki Północnej oraz Azji Mniejszej uważali, że pragnący powrócić po wyparciu się wiary do wspólnoty Kościoła muszą przyjąć powtórnie
chrzest
. Stefan I był temu zdecydowanie przeciwny, co niemal doprowadziło do zerwania jedności z tymi Kościołami.