Muzeum założone zostało w
1912
roku przez kanonika Eugena Brachvogla. Pierwsza sala wystawowa powstała na Wzgórzu Katedralnym w tzw. Wieży Kopernika. Po
II wojnie światowej
muzeum ponownie zaistniało
5 września1948
roku, kiedy w
kanoniach
wewnętrznych otwarto ekspozycję muzealną Kopernikowi. Odbudowa muzeum trwała do roku
1973
. W tym też roku w przyziemiu dawnej dzwonnicy katedralnej powstało
planetarium
. W roku
1975
roku muzeum uzyskało samodzielność.
