Od 1995 pełni funkcję mera Awinionu, uzyskiwała reelekcję w 2001 i 2008. W 2002 powróciła do parlamentu jako kandydat Unii na rzecz Większości Prezydenckiej, przekształconej następnie w
Unię na rzecz Ruchu Ludowego
. W 2004 została mianowana ministrem do spraw rodziny i dzieci w rządzie Jean-Pierre'a Raffarina. Gdy kilka miesięcy po tej nominacji doszło do likwidacji sprawowanego przez nią urzędu (poprzez jego włączenie do resortu zdrowia z
Philippem Douste-Blazym
na czele), Marie-Josée Roig powołano na wiceministra spraw wewnętrznych, którym była do maja 2005.
W 2007 po raz kolejny wybrano ją w skład Zgromadzenia Narodowego.
